開基について明治七年秋田市寺町大悲寺住職修山老師の書かれた当院の記録によれば「天正年中、新城三郎の後室雲祥尼公之禅誦安居地也」とあり、このあと月嶺宗円西堂を請じて開基と為す、と記されている。

しかし、五十二年発行の「郷土誌研究考」(編著者下新城青崎の故加成惣一郎氏)によれば、雲祥院の開基は岩城の城主初代安信公の後室ではないらしいとされ、福城寺過去帳の写も記されていることから、天正年中より早い永禄ではなければならないと記されている。これについては昭和七年、当院の火災のためいっさいの史料を焼失したため、はっきりしない。

また、当院は昭和二十年八月に爆撃にあい、秋田市でただ一ヶ寺の戦火寺院となった。